Engagé dans l’audiovisuel depuis 2004 et sensible à la capacité de mobilisation des images dans les débats de société, Jean-Marie Pernelle s’investit depuis plusieurs années dans la réalisation, la production et la diffusion de documentaires de création dans la zone océan Indien, notamment à La Réunion où il vit depuis 1993. Il crée la société de production En Quête Prod (enqueteprod.com) avec Frédéric Lambolez en 2007 pour développer des projets de documentaires porter par des auteurs de la zone Océan Indien.
Avec « Mayotte, où va la République ? », il coréalise avec Frédéric Lambolez son 1er film documentaire en 2007 sur la situation des sans-papiers à Mayotte. Il poursuit par la suite la coréalisation de documentaires dans l’Océan Indien (« Je veux ma part de Terre – Madagascar » en 2012, « Le syndrome mahorais » en 2014, « Le monde de chez Tikaf » en 2018, « Je veux ma part de Terre – La Réunion » en 2020, « Terla ta nou » en 2024 coréalisé avec Cécile Laveissière).
En 2024, il quitte la Réunion pour s’installer dans le Lot, à Saint Céré, où il démarre une nouvelle étape de sa vie de cinéaste.